中世纪时，天主教会控制着西欧的精神世界，但是，到中世纪后期，仍然出现了不少同教会宣扬的思想不同的声音，这些思想被教会称为异端。这些异端思想与正统的天主教思想或多或少的一些不同的地方，虽然它们本身也有很多不同之处，但都有一些相同的地方，如持异端思想的人都认为世界不是上帝创造的，而是由撒旦创造的，因此整个尘世就是恶魔和恶的体现，这与《圣经》中的描述完全不一样，异端思想家否认《旧约》为圣书，只承认《新约》是圣经，同时对《新约》作了许多随意的解释。有些异端教派甚至提出反对罗马的教皇，公开宣称罗马教皇是恶魔。

为了维护教会的权威，天主教会对异端教徒进行了残酷的镇压，除了派十字军屠杀异端教徒之外，还特别设立了异端裁判所。异端裁判所的职责是裁定谁是异端，凡是对天主教会不利的思想及其信仰者都会被宣布为异端而加以惩处。最初，异端裁判所都掌握在地方教会手里，13世纪30年代，教皇格列高利九世发布通谕，建立中央集权的教皇异端裁判所。后来，教皇英诺森四世进一步批准异端裁判所可以在审讯中用刑。异端裁判所的审讯条例非常严酷，例如，在法庭上，被控告的人不能知悉控告人和见证人的姓名；任何人甚至是罪犯都可以充当控告人和见证人，只要有两人作证，控告即可成立，证人不能撤诉，如撤诉就要当异端同谋犯处理；被控告人如不承认犯有异端罪行，可反复用刑讯问，不仅要他承认自己的罪行，还要检举同伙和可疑分子；一切有利于被控告人的证词都不能成立，任何从事有利于被控告人的活动，都要予以最严厉的惩罚；任何人都被控告人给予法律援助或为他请求减刑，即予革除教籍的处分地；被控告人可以不经审判便予以处死，凡是承认犯有异端罪行表示悔改者，处以鞭笞、监禁以及终身监禁等处罚；被控告者认罪后，如又翻供否认，即不再审讯，予以火刑；被判为异端者，没收全部财产。异端裁判所成立后，大肆搜捕嫌疑犯，使得人人自危。在异端裁判所的严酷审讯之下，许多人死于非命。异端裁判所甚至连死人都不放过，许多死人被从坟墓中刨出来，再执行火刑。在异端裁判所存在的约五百间，西欧各地受到迫害的人何止百万，据统计，仅仅西班牙一地，就有38万人被判为异端受到迫害。异端裁判所使得中世纪的西欧思想文化更加黑暗，巩固了教会的权威。