东亚人群有着极其丰富的遗传、体质、文化和语言多样性，但这些多样性的具体分布状况以及相互间的渊源关系仍有待进一步解析。随着东亚及其周边人群的分子人类学数据的不断积累，尤其是父系Y染色体研究的一系列进展，使得东亚人群的多样性结构逐渐明晰。现有的Y染色体数据揭示，现代人出非洲后由东南亚经多次迁徙进入东亚。在旧石器时代，现代人最初定居东亚之后，紧接着不断北迁，这奠定了东亚遗传结构的基础。随后，来自中亚的移民与东亚人群的基因交流增大了东亚的南北人群间遗传距离。语言、农业、军事与社会地位等文化因素同样影响着东亚的遗传结构。将Y染色体与家谱文献相结合也为遗传学研究人类古代历史提供了可能。